გმირი მეომრების ჯგუფს მხოლოდ ექვსი დღე აქვს „Mortal Kombat Annihilation“-ში პლანეტის გადასარჩენად. წარმატების მისაღწევად მათ უნდა გადაიტანონ ყველაზე სანახაობრივი გამოწვევების სერია, რომელსაც ოდესმე შეხვედრია ადამიანი ან ღმერთი, როდესაც ისინი ებრძვიან ბოროტ მხედართმთავარს, რომელიც დედამიწის კონტროლის ხელში ჩაგდებას ცდილობს.